Ефективність побудови організаційної структури не може бути оцінений яким-небудь одним показником. З одного боку, тут слід враховувати, наскільки структура забезпечує досягнення організацією результатів, відповідних поставленим перед нею виробничо-господарській меті, з іншою — наскільки її внутрішня побудова і процеси функціонування адекватна об’єктивним вимогам до їх змісту, організації і властивостям.

Кінцевим критерієм ефективності при порівнянні різних варіантів організаційної структури є якнайповніше і стійке досягнення мети. Проте довести цей критерій до практично застосовних простих показників, як правило, надзвичайно важко. Тому доцільно використовувати набір нормативних характеристик апарату управління: його продуктивність при переробці інформації; оперативність ухвалення управлінських рішень; надійність апарату управління; адаптивна і гнучкість. При виникненні проблем необхідно формулювати чисельність персоналу як критерій економічної ефективності, відповідно до якого повинна бути забезпечений максимізація результатів по відношенню до витрат на управління. Чисельність апарату управління, повинна бути об’єктивно обгрунтованою для того, щоб у всій повноті забезпечити рішення задач, витікаючих з мети організаційної системи.

Критерієм ефективності при порівнянні різних варіантів організаційної структури служить можливість якнайповнішого і стійкого досягнення кінцевої мети системи управління при відносно менших витратах на її функціонування.

Принципове значення для оцінки ефективності системи управління має вибір бази для порівняння або визначення рівня ефективності, який приймається за нормативний. Один з підходів диференціювання зводиться до порівняння з показниками, що характеризують ефективність організаційної структури еталонного варіанту систем управління. Еталонний варіант може бути розроблений і спроектований з використанням всіх наявних методів і засобів проектування систем управління. Характеристики такого варіанту приймаються як нормативні. Може застосовуватися також порівняння з показниками ефективності і характеристиками системи управління, вибраної як еталон, що визначає допустимий або достатній рівень ефективності організаційної структури.