Організація з інноваційною діяльністю є відкритою науково-виробничою системою, якій притаманні всі ознаки систем, а саме: цілеспрямованість, єдність, взаємозалежність і взаємозумовленість усіх елементів; відносна стійкість і впорядкованість; неперервність розвитку, складність, подільність, імовірнісний характер результату інноваційного процесу, оскільки поведінка економічних систем до певної міри невизначена, адже прогнозування чинників зовнішнього середовища не детерміноване.

Як наука і мистецтво управління інноваційний менеджмент базується на теоретичних положеннях загального менеджменту, серед яких визначальними є закони та закономірності динамічних систем, принципи, функції, форми й методи цілеспрямованої діяльності людей у процесі управління цими системами. Мистецтво як функціональний елемент інноваційного управління забезпечує повноцінне використання знань, ідей, досвіду, прийняття творчих рішень керівниками і спеціалістами, розвиток ініціативи всіх учасників інноваційної діяльності в організації.